企業申請ISO 14001認證證書需要按照以下步驟進行：

1、選擇認證機構：企業需要選擇一家經過認可的認證機構，如DNV、SGS、BV等。

2、簽訂合同：企業需要與認證機構簽訂認證合同，明確認證的范圍、時間、費用等細節。

3、籌備文件：企業需要準備相關的文件，包括環境管理手冊、程序文件、記錄文件等。

4、現場審核：認證機構會派遣審核員進行現場審核，審核內容包括企業的環境管理體系是否符合ISO 14001標準要求。

5、審核報告：審核員會根據審核結果編寫審核報告，報告中會列出企業存在的問題和需要改進的地方。

6、改進措施：企業需要根據審核報告中的問題和建議，制定改進措施并實施。

7、再次審核：認證機構會進行再次審核，確認企業已經采取了改進措施并符合ISO 14001標準要求。

8、頒發證書：認證機構會根據審核結果頒發ISO 14001認證證書，證書有效期為三年，每年需要進行監督審核。

9、監督審核：認證機構會每年進行一次監督審核，以確保企業仍然符合ISO 14001標準要求。

11、重新認證：ISO 14001認證證書的有效期為三年，到期后企業需要重新進行認證，重復以上步驟。

需要注意的是，ISO 14001認證證書并不是一次性的，企業需要不斷地維護和改進環境管理體系，以確保持續符合ISO 14001標準要求。