申請ISO 14001認證證書需要準備的資料包括但不限于以下內容：

環境管理體系文件：包括環境政策、目標和計劃等文件。

環境管理體系文件的實施記錄：包括對文件的實施情況、培訓記錄和控制措施等。

相關監測數據：包括能耗數據、廢水、廢氣、噪音、危險廢物等相關監測數據。

內部審核記錄：包括內部審核的計劃、過程、結果和整改情況等。

環境管理體系改進記錄：包括發現問題、制定改進計劃和實施后的效果等。

培訓記錄：包括對員工的環境管理相關培訓記錄。

其他相關資料：包括組織結構、文化等。

需要注意的是，不同的認證機構和行業可能會有不同的要求，具體要求可以與認證機構進行溝通確認。另外，資料準備過程中要確保資料的真實性和完整性，以便通過認證審核。